CRISPR-Cas9 유도 염색질 개방을 이용한 종양미세환경 내 유전자 발현 모듈 정밀 매핑

본 기술은 CRISPR-Cas9을 이용하여 암세포 주변의 종양미세환경(TME) 특이적 유전자 조절 영역을 표적으로 하여, 해당 영역의 염색질 접근성을 순간적으로 변화시킨 뒤, 이를 통해 유전자 발현 패턴의 국소적 변화를 추적하는 첨단 분석 기법이다.

분석 방법론의 특징

• In Situ Hybridization (ISH) 기반 검증: Cas9 표적 부위 주변의 RNA/DNA 변화를 현장에서 직접 확인하기 위해 특수 프라이밍 기술을 적용한다.
• ATAC-seq 변형: 기존의 Assay for Transposase-Accessible Chromatin sequencing을 TME 샘플에 맞게 최적화하여, 종양 특이적 염색질 개방 이벤트만을 고감도로 포착한다.

이를 통해 TME 내의 면역항암치료 반응성 혹은 종양 진행과 관련된 미지의 유전자 발현 조절 모듈을 높은 공간적 해상도로 밝혀내는 것을 목표로 한다. 관련 연구는 종양미세환경, 염색질 리모델링 복합체, CRISPR 유전자 편집 등의 분야와 밀접하게 연결된다.